ㅤㅤInicialmente, o local destinado à futura igreja estava concentrado em um barracão que se encontrava no canteiro de obras das primeiras casas a serem entregues aos moradores. A comunidade era assistida pelo Padre Igino Genarri, até então vigário da Paróquia Sagrada Família, em Taguatinga. Em 08 de agosto de 1980, o sacerdote foi instituído como o primeiro pároco.
ㅤㅤEm dezembro daquele mesmo ano, Frei João Batista Wajgert (OFMConv.) foi apresentado como o segundo pároco. No ano seguinte, substituindo o pároco que estava em viagem, Frei Miecislau Tlaga (OFMConv.) transferiu a igreja-barraco para a atual localização (entre as quadras 9 e 13), por se tratar de uma área mais central. Para identificar a Paróquia, foi colocada uma grande cruz metálica que havia sido abençoada pelo Bispo Auxiliar de Brasília, Dom Geraldo Ávila, na presença de alguns fiéis que se comprometeram a auxiliar na construção da futura igreja.
ㅤㅤEm 07 de dezembro de 1982, o novo pároco, o então Frei João Wilk (OFMConv.), assumiu e continuou na busca pela regularização do terreno. Após muitas visitas semanais à TERRACAP, o terreno foi vendido em 19 de janeiro de 1984. O caixa paroquial estava zerado devido à nova aquisição.
ㅤㅤNo entanto, a comunidade alegrou-se de tal forma com esta conquista que se dispôs a trabalhar para tornar realidade o sonho de todos. Logo o projeto estava pronto, contendo desde já os 03 blocos característicos: igreja, salão paroquial e centro catequético.
ㅤㅤEm 19 de fevereiro de 1985, foi realizada a 1ª assembleia paroquial que contou com a presença das Irmãs Pastorinhas. Após o encontro, as irmãs residiram na Paróquia e promoveram a Pastoral da Saúde até 1999. Ainda em 1986, Frei José Maria Stankiewicz (OFMConv.), foi eleito como o novo pároco e realizou algumas obras, tais quais o salão paroquial e a gruta de Nossa Senhora de Lourdes.
ㅤㅤFrei Eusébio Wargulewski (OFMConv.) assumiu como pároco da comunidade em dezembro de 1995. Sob seus cuidados, a igreja foi concluída com os retoques finais: as estações da Via Sacra, o painel central e outras esculturas, fora a pintura, iluminação, forro e extensão da matriz.
ㅤㅤEm dezembro de 1999 uma celebração marcou o inicio do quadriênio em que Frei José Nasareno (OFMConv.) foi eleito o novo pároco. Por ocasião do Jubileu do Nascimento de Jesus, no ano de 2000, realizou-se na paróquia o 1º Congresso Eucarístico Paroquial. Durante seu mandato Frei Nasareno reservou uma sala onde foi criada a Capela do Santíssimo, adquiriu alguns objetos litúrgicos, ventiladores para a matriz, abriu uma porta lateral de acesso ao Centro Catequético, reformou o auditório e concluiu as obras da Capela Santa Clara e o estacionamento público da matriz. Com a 2ª assembleia Paroquial, nasceu o Plano Anual Pastoral. Deu início as festividades de pentecostes na paróquia.
ㅤㅤFrei Manoel Barbosa (OFMConv.) tomou posse como pároco em 03 de dezembro de 2003. Seu jeito inovador trouxe anos de muito trabalho e crescimento na fé. Ergueu 04 Capelas; São Francisco, São Benedito, Santo Antônio e Nossa Senhora da Estrada. Aumentou o número de pastorais, adquiriu o novo Ostensório da matriz, realizou a caminhada da paz, reformou a matriz aumentando assim a área para acomodação dos fiéis, comprou mais bancos, inaugurou a escola de informática junto a Associação Faci, plantou 30 árvores nos fundos da igreja. Homem incansável, sempre pronto para o trabalho. Frei Manoel até hoje é lembrado por tanto que fez junto à comunidade.
ㅤㅤFrei Fabrício Nogueira (OFMConv.) assumiu em 08 de janeiro de 2008 e foi reeleito em 2011 ficando assim 08 anos a frente da paróquia como pároco e guardião. Padre carismático de espírito jovem realizou grandes feitos relacionado ao crescimento espiritual da comunidade. Deu sequência as celebrações de pentecostes, realizou novenas e missas por cura e libertação atraindo assim inúmeras fieis a paróquia. Nas comemorações dos 30 anos da paróquia trouxe os antigos párocos paras as celebrações. Idealizou e realizou o Retiro de Casais em Caldas Novas (RCCN), reunindo anualmente centenas de casais em busca de crescimento na fé, reconciliação, renovação dos votos. Até hoje o Retiro de Casais em Caldas Novas (RCCN) é um mega evento da Paróquia São marcos e São Lucas. Frei Fabrício também foi o responsável por trazer grandes nomes do cenário musical às festividades da paróquia. Dentre muitos, estiveram na paróquia Padre Fábio de Melo, Anjos de Resgate, Rosa de Saron.
ㅤㅤAos três (03) de dezembro (12) de dois mil e quinze (2015) Frei Hoslan Guedes (OFMConv.) assumiu como pároco e guardião da São marcos e São Lucas. Frei Hoslan renovou os ares da paróquia com seu jeito simples de falar e com o sorriso fácil. Construiu a Casa Filial Santa Clara, reformou o salão paroquial tornando-o mais moderno e bonito, fez pequenos reparos na estrutura da paróquia, centro catequético e capelas. Seu grande feito foi, sem sombras de dúvidas, reunir o grande povo santo de Deus em suas celebrações. Arrastando uma multidão, a paróquia ficou pequena para quem vinha lhe ouvir. Nas novenas por cura e libertação, nas celebrações de pentecostes, e na Semana Santa, Frei Hoslan trazia o céu até nos.
ㅤㅤAtualmente, o Frei Roberto Cândido de Souza (OFMConv.) é o pároco da São Marcos e São Lucas. Tomou posse em 03 de janeiro de 2020. Em março do mesmo ano a Paróquia completou 40 anos e para comemorar a grande data foi celebrada uma linda solenidade que contou com a presença do Ministro Provincial Conventual Frei Gilberto de Jesus, do Ministro Provincial Capuchinho Frei Clézio de Menezes, dos antigos párocos, padres do setor e diversos freis da província. A celebração foi presidida pelo Cardeal Dom Sérgio da Rocha. Uma semana após a celebração, foi decretado o fechamento das igrejas em virtude da pandemia do novo coronavírus. Antes mesmo de completar o quadriênio, construiu a Capela Nossa Senhora da Estrada. Foi reeleito para mais um quadriênio em 2023, e segue trabalhando arduamente para levar a paróquia, juntamente com a Capela São Francisco, para mais 45 anos de muitas graças, prodígios e milagres. Seus vigários são Frei Alex e Frei Givaldo.
